In Burundi herrscht tropisch heißes und wechselfeuchtes Klima. Die Durchschnittstemperaturen unterliegen das ganze Jahr über nur einer minimalen Schwankung und variieren tagsüber zwischen 27° C im Januar und 30° C in den Monaten August und September.
Wechselfeucht bedeutet, dass das Jahr in Regenzeiten und Trockenzeiten aufgeteilt ist. Es empfiehlt sich, für eine Reise nach Burundi die trockenen Monate mit wenig bis gar keinen Niederschlägen zu wählen. Die kleine Regenzeit dauert von April bis Mai, die große Regenzeit liegt zwischen September und Dezember. In den übrigen Monaten ist das Wetter generell angenehmer, da dann auch die Luftfeuchtigkeit geringer ist. Auch das Risiko, an Malaria zu erkranken, ist in dieser Zeit wesentlich geringer.
Besonders heiß ist es in Burundi in den Regionen entlang des Tanganjikasees und an den Ufern des Flusses Ruzizi. Das ist ein Zuflusssee des Tanganjika und insgesamt über 100 km lang. Eine kleine Abkühlung bringt hier jedoch der Wind, der an den Seeufern fast immer weht und das Wetter etwas angenehmer macht. Die jährliche Niederschlagsmenge liegt hier bei etwa 750 mm, ist also verhältnismäßig gering.
Die Gegenden am Tanganjikasee und am Ruzizi-Fluss sind im ganzen Land am niedrigsten gelegen und daher stärker vom tropischen Klima beeinflusst als die Gebiete der Hochebenen. Dort liegen die durchschnittlichen Tagestemperaturen in den höchsten Gegenden bei nur 18° C. Die Temperaturen sind größtenteils mild und angenehm. In den Gebirgsregionen ist allerdings auch die jährliche Niederschlagsmenge am höchsten, besonders in den Ostgebirgen. Die jährliche Niederschlagsmenge kann hier bis zu 1500 mm betragen. Auch für eine Reise ins Gebirge von Burundi empfehlen sich folglich die Monate während der Trockenzeiten. Zwischen Mai und Oktober kann es jedoch recht kühl werden. Gelegentlich gibt es in dieser Zeit sogar Nachtfrost. Das beste Reisewetter für eine Tour in die Gebirgsregionen von Burundi ist demnach zwischen Januar und März zu erwarten.